Consiste no estudo detalhado da estrutura da organização em cada uma de suas áreas administrativas, técnicas e operacionais, considerando o relacionamento entre elas e com o mercado, quando aplicável, culminando num conjunto de recomendações para a melhoria do fluxo operacional, de comunicações e otimização dos recursos disponíveis. Recomenda-se que o diagnóstico de organizacional seja complementado por um diagnóstico de processos, um diagnóstico de tecnologia da informação e um diagnóstico funcional.